Reúne la voluntad comprometida y firmada de cuarenta instituciones rochenses. El primer Director Técnico fue Juan Ramón Carrasco. En el 2001 consiguió su única victoria ante un grande, 2 a 1 a Peñarol por el clasificatorio 2001; dicho año descendió a la Segunda División Profesional. Milito en esta divisional en  2002 y 2003 cuando ascendió a primera de la mano de Alberto Martínez, con un gol en la hora del "negro" Recoba ante Cerro Largo. En dicho año 2003, fue campeón  del Toneo Aperture 2003 de al vencer 4 a 1 a Paysandú F.C.  en el Estadio Sobrero.

En el 2004 se salvó del descenso en las ultimas fechas, en un partido inolvidable con Deportivo Maldonado, con 2 goles de Pedro Cardoso, que permitieron salvarle del descenso.

Después de ese gran torneo, llegó lo mas importante en la corta historia del Rocha F.C. la obtención del Apertura 2005. Algo histórico para un club de tierra adentro del país, con 2 goles de Maguregui ante Rampla los celestes se dieron el lujo de dar la vuelta olímpica en el sobrero ante 8000 almas rochenses, dejando sin posibilidad de campeonar a nacional. Después de un mal clausura, llegaron las finales 2005/2006 que Rocha perdió ante Nacional y fue vicecampeón de esta temporada.

Fue el primer club del interior en participar en la Copa Libertadores de América en el 2006, donde tuvo una buena actuación al ganarle en el Campus de  Maldonado 3a 2 a Liga de Quito, base de la selección ecuatoriana, y dos empates ante Universitario, terminando tercero detrás de Vélez de Argentina, Liga de Quito.